Orgánmi RRA ISTER sú valné zhromaždenie, správna rada, dozorná rada a riaditeľ RRA. Funkčné obdobie správnej rady, dozornej rady a riaditeľa RRA sú 3 roky.

Valné zhromaždenie RRA ISTER je zložené zo zástupcov členov RRA, právnických osôb združenia RRA ISTER.

Správna rada má pri založení 4 členov, dozorná rada 3 členov. Počet členov správnej rady a dozornej rady v ďalšom období určuje, volí a odvoláva valné zhromaždenie.

Riaditeľa RRA menuje správna rada.